Structure spéciale des protéines

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C- Les boucles et les tours : structure non régulière, non répétitives, connectent structures secondaires.

La différence entre tours ou coudes béta et les boucles :

Tours ou coudes :

- La structure qui connecte 2 brins béta antiparallèles

- Les tours généralement courts 2 à 4 acides aminés (2 à 4 résidus).

- Les conformations possibles ont été classées selon les valeurs des angles phi et psi des différents acides aminés (résidus).

Les boucles :

- Les structures des protéines sont souvent des combinaisons d’hélice et de feuillets reliées par des boucles de longueurs variables jusqu’à 22 résidus.

- Les boucles sont généralement à la surface des protéines.

- Les groupements C=O et NH (liaison peptidique) ne forment en général pas de liaison hydrogène entre eux mais avec les molécules du solvant (l’eau).

- Les régions des boucles exposées au solvant sont riches en acides aminés hydrophiles, chargés ou polaires.

- Eléments de jonction.

- Participent à la formation de sites de liaison ou de sites actifs

Voir cour page 16.

Les boucles qui relient 2 brin béta antiparallèles sont dites en épingle à cheveux.

D- Exemples des motifs de structure secondaire

Alpha kératine : voir cours page 17

Collagène : voir cour page 18

Fibroïne de la soie : cour page 20

Elastine : cour page 21

5-Les structures super secondaires : notion de motif structural

A-Représentation schématique et diagrammes topographiques (cours page 22)

Pour hélice alpha et brin béta il y a deux systèmes : système a 2 dimensions

Et système a 3 dimensions et c’est la même chose pour l’insuline.

Structure de la myoglobine : différentes représentations schématiques construites par ordinateur à divers degrés de simplification.

La myoglobine est une protéine qui transportes l’oxygènes dans le cytoplasme des cellules. Sa vitesse de transport de l’oxygène et de type michaélien. Et aussi il y a l’hémoglobine qui a un rôle dans le transport de l’oxygène.

B- Les motifs alpha alpha

Il y a des motifs liant l’ADN et d’autre liant le calcium.

Hélice-boucle-hélice liant le calcium : sur le cour page 27 il y a un exemple de la main EF pour stabiliser l’ion calcium. Il y a une liaison entre hélice E et hélice F sont lié par l’intermédiaire boucle au milieu.

Le main EF apparait dans l’étude de la troponine.

L’ion calcium schématisé par la sphère est capté par un domaine peptique spécifique en boucle entre deux sites en hélice a l’image des doigts d’une main se refermant sur une bille pour la maintenir.

A un rôle dans la régulation de l’expression des gènes au niveau transrationnel (voir cour page 28).

Hélice-tour-hélice liant l’ADN : facteurs procaryotes.

Autre motifs alpha-alpha liant l’ADN : voir cours page 32

C- Les motifs mixtes béta-alpha-béta

Il y a 2 conformations possible si droit ou bien gauche.

Béta-béta-alpha motif doigt de Zinc : les doigts à zinc éléments de reconnaissance de l’ADN, aussi a un rôle pour réaliser le remplacement spécifique de gêne.