Crispr cas 9

Sommaire: 

Introduction

Materiel et methodes : 

• Réseau métabolique : 23 flux (il a été réduit)
• unités par rapport au données disponibles (cohérentes par rapport aux donnés) 
• les réactions 
• les entrées et les sorties (ici on en a qu’une seule)
• parametrage : metabolites “ fixed” 
• parametrage : metabolites parametres dans copasi : “fixed”=cst et connues et realistes  (ADP/ATP, NAD/NADH, NADP/NADPH)
• parametrage : “reaction”=variables 

Equation de michaelis menten généralisée 

3 modèles étudiés : 

V0 → Vm=1 Km=1 mM

V1 → Vm=1 Km=Keq Réalistes ( vrai valeurs)

V2 → Vm= vraies valeurs mesurées Km = 1mM

On veut savoir quel est l’effet de l'implémentation de valeurs plus réalistes sur  les cocnnetration en metabolites, le flux des enzymes d’un point de vue de la Keq et de la Vmax???

Résultat: 

Etat stationnaire 

donner une Définition de l'état stationnaire, 

sortir un exemple dans mathematical d’equation dif 

dif entre la production d’un …. et sa consommation 

donner description de cette équation dif 

On veut aussi comparer les flux : 

flux : par exemple de MDH : 

pour V0    V1    V2    V3 

flux: certains sont égaux en valeurs absolues 

→ pourquoi certains flux sont - ?  (travailler sur Keq qui augmente assez pour que le terme devienne - ) 

Partie 4 : 

KO (Vmax= 0) va quand même nous donner un état stationnaire essent (je sais plus trop….) … KO non viable ( pas d’état stationnaires) 

voir feuille 

Il y a différent entre enzyme contrôlante et essentielle !!!!!!

Etape contrôlante peut ne pas être essentielle 

5/ 

Sur COPASIE : 

Tasks 

cross section 

paramètre scan 

create : réaction 

Aldolase : 

→ pas étape limitante 

flux très sensible du flux

c’est plus intéressant de regarder les étapes limitantes/contrôlantes 

→ PK 

PEPC

entrée Glucose 

On refait avec glucose uptake (entrée) 

à 0 : pas d’état stationnaire → ca commence après 

c’est une étape limitante donc quand glucose augmente alors les 3 réaction de sorties augmente 

mettre les captures d’ecran des courbes

V3 → 

PARTIE 3 : Dernier affinage valeur de Km à V3