Crispr cas 9
Par Mdkgn • 10 Février 2023 • Résumé • 371 Mots (2 Pages) • 456 Vues
Sommaire:
Introduction
Materiel et methodes :
- Réseau métabolique : 23 flux (il a été réduit)
- unités par rapport au données disponibles (cohérentes par rapport aux donnés)
- les réactions
- les entrées et les sorties (ici on en a qu’une seule)
- parametrage : metabolites “ fixed”
- parametrage : metabolites parametres dans copasi : “fixed”=cst et connues et realistes (ADP/ATP, NAD/NADH, NADP/NADPH)
- parametrage : “reaction”=variables
Equation de michaelis menten généralisée
3 modèles étudiés :
V0 → Vm=1 Km=1 mM
V1 → Vm=1 Km=Keq Réalistes ( vrai valeurs)
V2 → Vm= vraies valeurs mesurées Km = 1mM
On veut savoir quel est l’effet de l'implémentation de valeurs plus réalistes sur les cocnnetration en metabolites, le flux des enzymes d’un point de vue de la Keq et de la Vmax???
Résultat:
Etat stationnaire
donner une Définition de l'état stationnaire,
sortir un exemple dans mathematical d’equation dif
dif entre la production d’un …. et sa consommation
donner description de cette équation dif
On veut aussi comparer les flux :
flux : par exemple de MDH :
pour V0 V1 V2 V3
flux: certains sont égaux en valeurs absolues
→ pourquoi certains flux sont - ? (travailler sur Keq qui augmente assez pour que le terme devienne - )
Partie 4 :
KO (Vmax= 0) va quand même nous donner un état stationnaire essent (je sais plus trop….) … KO non viable ( pas d’état stationnaires)
voir feuille
Il y a différent entre enzyme contrôlante et essentielle !!!!!!
Etape contrôlante peut ne pas être essentielle
5/
Sur COPASIE :
Tasks
cross section
paramètre scan
create : réaction
Aldolase :
→ pas étape limitante
flux très sensible du flux
c’est plus intéressant de regarder les étapes limitantes/contrôlantes
→ PK
PEPC
entrée Glucose
On refait avec glucose uptake (entrée)
à 0 : pas d’état stationnaire → ca commence après
c’est une étape limitante donc quand glucose augmente alors les 3 réaction de sorties augmente
mettre les captures d’ecran des courbes
V3 →
PARTIE 3 : Dernier affinage valeur de Km à V3
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