Cours de biologie, l'écologie microbienne

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- Quorum = latiiiiiin « nombre suffisant »

- Signal de la présence des cellules de la même espèce

- Acyl-homosérine lactone ( AHL ) spécifique.

- Permet de coordonner l’expression des gènes ( exemple : toxines, polysaccharides ).

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Microorganisme à colonies macroscopiques : Nostoc

MicroO avec carpophores macroscopiques : calvatia gigantea

L’appareil végétatif des champignons : le mycélium

Armillaria mellea : un pathogène agressif occasionnant la pourriture blanche forme des énormes réseaux de rhizomorphes souterrains.

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Photosynthèse anoxygéniques

- Bactéries pourpres et vertes

- Dans des conditions anaérobies , pas toujours photoautotrophes

- Pigments : bacteriochlorophylle et caroténoïdes

- Accepteurs d’électrons : H2S, H2, composées organiques

- Souvent production de soufre :

H2S -> 2électron + 2H+ + S0

Lumière

Photosynthèse anoxygénique :

Bactéries pourpres :

- Sulfureuses

- Soufre est déposé sous forme de granules à l’intérieur ( parfois extérieur ) de la cellule.

- Non sulfureuses :

- Plupart peuvent utiliser sulfure mais à plus faible concentration, photohétérotrophie.

Bactéries vertes

- Sulfureuses : So déposé à l’extérieur de la cellule, millieux aquatiques anoxiques riches en H2S.

- Non-sulfureuses : filamenteuses, tapis dans des sources chaudes à PH neutre à alcalin.

La méthénogénèse

- L’étape terminale de la biodégradation de la matière dans un grand nombres d’habitats anoxiques.

- Effectué par des Euryarchaeota :

- Majorité mésophiles, mais aussi thermophiles( Methanopyrus, croît de façon optimale à partir de 100°C )

- Autotrophie ! Voie assez complexe et variée

- Réduction de Co2 à Ch4

- Création d’une force proton motrice. Gradient de proton à travers la membrane : le méthanogène va utiliser ce gradient pour produire de l’aTP.

Habitats des méthanogènes :

Environnements anoxiques ( conditions strictement anaérobies )

- Sédiments des étangs, marais , lacs, rizières, terrains humides.

- Tractus digestif : rumen,colon, caecum, panse rectal de termites.

- Sources géothermiques de CO2 et H2

- Endosymbiotes des protozoaires.

- Stations d’épuration : digesteurs de boues anaérobies.

- Microenvironnement anoxiques

Volta Experiment

- Découverte du méthane par Alessandro Volta ( 1776 ) : combustion du gaz s’échappant des sédiments du Lago Maggiore.

Cycle biogéochimique de l’azote : l’assimilation et l’ammonification

Dénitrification :

Nitrate : accepteur d’électrons alternatif dans la respiration anaérobie .

- Produit terminal : N2 ou N20

- Sols dans des conditions anoxiques : perte de l’azote des engrais

Nitrification

- Oxydation de NH3 en NO3- : chimiolitotrophie

- Deux étapes par Nitrosomas