Organisation fonctionnelle des micro-organismes

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Place des MO dans le monde vivant.

Avant la connaissance de MO, les individus étaient classés en 2 catégories soit animales soit végétales selon des caractéristiques.

Règne animale

Règne végétale

Mode de respiration

Oxydation de la matière organique

Photosynthèse

Substance de réserve

Graisse ou du glycogène

Amidon

Mobilité

Oui

Non

Paroi

Non seulement membrane plasmique

Oui avec une paroi épaisse composé de cellulose

[pic 1]

Mais lors de la découverte des MO, on a pas pu les classés entre le règne animal ou végétale. Comme les bactéries, qui peuvent faire la photosynthèse ou non, avec une mobilité ou non. De ce fait, un scientifique Haeckel à la fin du 19ème les a classé dans une troisième classe appelée protistes. Et dans cette catégorie, il a distingué 4 parties :

- Les protozoaires,

- Les algues,

- Les champignons,

- Les bactéries.

Ensuite, Chatton a distingue les cellules eucaryotes et procaryotes (= sans noyau), c’est-à-dire selon la présence ou non de noyau. Mais il se rend compte que chez les protistes, il y a des eucaryotes et des procaryotes. Il subdivise dont les protistes en 2 parties :

- Les protistes eucaryotes ou supérieurs

- Les protistes procaryotes ou inférieurs.

Enfin, Whittaker, qui a étudié les protistes donne une répartition en 5 parties (animaux, végétaux, protistes, mycètes pour les champignons et les monères pour les bactéries) avec pour différences 3 critères :

- eucaryote ou procaryote,

- le type d’organisation cellulaire (uni, pluricellulaire ou vivant en colonies),

- le type de nutrition.

On appelle la cela la taxonomie basé sur la classification selon des caractéristiques morphologiques, physiques, biochimiques et parfois même sérologiques. Donc on regarde différents critères et on regroupe dans un même ensemble s’il y a les mêmes critères. Cette approche est appelée l’approche phénétique.

Mais cette classification, ne donne pas de renseignements sur le degré de parentés entre les différents individus au cours de l’évolution. Or au cours de l’évolution, les êtres vivant se sont diversifiés suite à l’accumulation de mutation et donc donné l’évolution. L’approche phylogénétique correspond donc en la comparaison de leurs séquences d’ADN. S’il y a beaucoup de ressemblance entre les ADN, il y a donc une parenté récente entre car les mutations n’ont pas pu s’accumuler. Au contraire, si les séquences d’ADN diffèrent, la parenté est plus ancienne car les mutations se sont accumulées au cours de l’évolution.

Pour cela, on compare des gènes conservés au cours de l’évolution, comme ceux impliqué dans la synthèse des protéines (traduction) grâce aux ribosomes qui est un élément extrêmement conservé. On y retrouve des protéines et ARN codés par des gènes. Au niveau des grands ARN, on retrouve les gènes 16S chez les procaryotes et 18S chez les eucaryotes avec une partie variable, et des zones avec un taux de conservation très élevée. Donc pour voir un lien de parenté on va donc regarder la séquence variable. Plus il y a des différences plus ils seront éloignés et au contraire moins il y a de différences plus ils seront parents. Ces travaux ont été fait par Karl Woese, qui a décrit l’apparition d’un ancêtre commun appelé LUCA (Last Universal Common Ancestor) qui était procaryote. Puis quand il s’est développé, il a subit des mutations, et si elles étaient correctes, elles étaient sélectionnés et conservées.

Les lignés évolutives déduites des séquences des ADN ribosomiques a donc donné 3 règnes toujours d’actualité de nos jours :

- Eucaryé : avec les tous les eucaryotes, animaux, microbes eucaryotes.

- Bactérié : organisation procaryote,

- Arché : qui est une branche évolutive des procaryotes correspondant à des organismes microbiens procaryotes qui vivent dans des niches hostiles et représentant une vie très ancienne sur Terre.

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Grands groupes des MO

On peut donc rassembler : [pic 2]

- Règne des protistes :

- Protophytes : algues vertes, brunes, rouges[pic 3]

- Protozoaires, paramécie, toxoplasme, plasmodium

- Règne des Mycènes

- Levures, moisissures

[pic 4]

- Règnes des monères [pic 5]

- Bacteria : bactéries

- Photosynthétiques

- Non photosynthétiques

- Archaea : arché.

Dans cette classification, basé sur la synthèse de la séquence ribosomale, les virus ne sont pas pris en compte car ils ne comportent pas de ribosomes.

→ Donc dans le règne bactérien, on peut avoir des bactéries procaryotes ou eucaryotes.

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